...Fino al XIII secolo si hanno scarse notizie della città la quale, sotto i Longobardi, faceva parte del Ducato di Spoleto e nel XII secolo era feudo principale dei Conti d'Apruzio.
In occasione delle lotte tra gli Svevi ed il Papato Atri, per prima tra le città del Regno, si schierò dalla parte guelfa. Per la fedeltà e disponibilità della città al servizio della Chiesa, nel 1251 papa Innocenzo IV accordò ad Atri il diploma di istituzione della Diocesi e di autonomia comunale, con territorio corrispondente a quello dell'antico agro coloniale romano.
Al libero Comune fu riconosciuto il diritto di emanare statuti e di confermare quelli anteriori, oltre al riconoscimento della facoltà di avere un porto; i cittadini non potevano essere giudicati al di fuori del Comune, godevano di libertà e di immunità personali ed erano affrancati da doveri feudali. L'anno successivo la Diocesi di Atri fu unita "ad invicem" a quella di Penne.

L'atriano Francesco Ronci fu tra i seguaci più ardenti di Pietro da Morrone, eletto al Soglio Pontificio nel 1284 con il nome di Celestino V, divenendo per questo primo abate generale dell'ordine dei Celestini.
Intanto nel 1305 fu completata la costruzione della maestosa Cattedrale.
Nel 1352 il Parlamento Municipale, ad imitazione di Firenze, città guelfa per eccellenza, proclamò protettrice della città S. Reparata. Nuovi statuti ispirati agli ordinamenti fiorentini furono approvati nel pubblico generale parlamento del 1362.
La città di Atri, nel 1395, fu venduta per 35.000 ducati al Conte di S. Flaviano Antonio Acquaviva, con il quale iniziò il ducato di questa famiglia che si distinse in Italia nel periodo del Rinascimento e che durerà fino al 1760, anno in cui la città tornò sotto il dominio diretto del Regno di Napoli.
La famiglia Acquaviva, imparentata con gli Aragonesi, ebbe diciannove duchi.

Andrea Matteo Acquaviva nel 1521 cinse d'assedio Teramo che aveva acquistato dal demanio, ma essa gli resistette; la questione fu risolta nel 1530 da Carlo V che restituì a Teramo la libertà.
Un altro celebre Acquaviva fu il Cardinale Giulio il quale ebbe come "camarero" Michele Cervantes, l'autore del Don Chisciotte.
La Compagnia di Gesù ebbe un rilancio mondiale a seguito dell'opera di Claudio Acquaviva (1543-1615) il quale ricoprì la carica di Generale dei Gesuiti per ben trentacinque anni dal 1576 alla morte. Suo nipote Rodolfo, anch'egli Gesuita, figlio del Duca Gian Gerolamo I e fratello del Cardinale Giulio e di Ottavio Acquaviva distintosi nella battaglia di Lepanto al seguito delle armate veneziane, morì martire nel 1583 in India.

Appartenne a questa illustre famiglia anche il Cardinale Troiano, cui Giambattista Vico dedicò La Scienza nuova nell'edizione del 1744.
Gli Acquaviva si estinsero con la morte nel 1757 della duchessa Isabella; Atri tornò sotto il dominio diretto del Regno di Napoli, seguendone le sorti fino al momento in cui entrò a fare parte del Regno d'Italia.
Nell''800 Atri diede i natali ad illustri personaggi, tra i quali spicca il matematico e filosofo Ariodante Mambelli, ardente mazziniano e maestro dell'atriano Pietro Baiocchi, unico abruzzese che partecipò all'impresa dei Mille, caduto eroicamente a Palermo nel 1860.
Degni di essere ricordati sono anche Gabriello Cherubini e suo nipote Rodolfo, il primo storico ed il secondo filologo, l'umanista Stefano Ferrante e Aurelio Grue, quest'ultimo insignito della medaglia d'oro al valor militare per essere eroicamente caduto ad Adua nel 1896.

La conoscenza che attualmente si ha della storia di Atri si deve principalmente all'opera di Luigi Sorricchio (1865-1916), autore di una ponderosa storia di Atri (Hatria-Atri), ricca di notizie tratte dai documenti della sua biblioteca privata, in gran parte raccolti dall'antenato Nicola, e dal distrutto Archivio Storico di Napoli.
Per quanto riguarda la prima metà del nostro secolo si deve segnalare la figura del Canonico Luigi Illuminati, professore di letteratura latina all'Università di Messina ed insigne poeta in lingua latina.